據傳在道光二十五年(公元一八四五年)農曆六月初七夜，所發生之連宵大雨，颶風由西南捲向東北，引起海水倒灌，故濱海村落被淹斃之浮屍，均漂來下寮及五塊厝(屬三條崙轄區)附近。罹難者之間，雖有倖存之遺屬，但無法辦認，而全家罹難者，也比比皆是，屍橫遍野，乏人收埋；迨官兵收拾後，便在今祠堂之後面，掘一大坑將屍體合葬，嗣後未被收集之屍體，或被泥沙掩沒者，俟發現後已成骨骸，乃陸續裝入水缸，裝十餘個小孩的骨骸，其狀之慘，令人不堪卒睹。至咸豐二年桂月(公元一八五二年)重修大墳時，將金斗及水缸(骨罈)，在其上面用石灰封抹成一纍纍之小坵，縱橫羅列約四百坵，並豎有「萬善同歸」石碑。復建一小廟供祭祀之用，廟之正位，奉有「萬善同歸」石碑，以供膜拜。後因年久失修，小廟垮塌，於修建時，改塑金身奉於正位，而將原石碑置於廟內。
迨大正三年(公元一九一四年)，原埋葬在鹹水堀，新莊仔西北(今廣溝厝西北，新莊仔已不存在)之墳墓，及祠堂因被海水侵襲(現該地已沒入海中)，故將之移葬及遷建至此。使毗連於原大墳之北，並仿大墳之葬法，做成一纍纍墓坵，約為百個。並另立石碑與大墳並列，勒有咸豐二年及大正三年重修之字樣，且在碑前舊廟之北建一小廟。例年之祭典為維持秩序，南面舊廟，由下崙、箔子寮、廣溝厝、下寮之住民祭祀。北面新廟，則由三姓寮、林厝寮、三條崙、飛沙、溪尾之居民膜拜。南廟以求告(俗稱撥杯)決定主事者，北廟則由各地村長輪流擔任主事；本來祭典均在農曆六月初八日舉行，但為避與金湖方面同日，以免祭祀時，人多擁擠，經兩地人士協議，將本祠祭祀日改在初七日，而延續至今。歷經昭和十四年歲次已卯夏月，民國三十七年蒲月，民國五十四年季冬(距災變已滿二週甲子)，陸續將鄰近發現之遺骸收集，並修建小墳於大墳周圍。
(參考資料：曾人口著，《金湖春秋》)
口湖鄉下寮萬善廟後方有三百多座小型塚，埋葬161年前因海嘯罹難的先人骨灰，當地人稱之為「萬善同歸墳墓」，附近居民說，每次要數墳墓的正確數量，卻怎麼也數不清楚，每個人數的結果都不同，相當奇特。 口湖鄉蚶仔寮舊金湖港萬善祠和金湖地區金湖萬善爺廟，為了緬懷當年罹難的先人，每年農曆6月7、8日都有盛大祭典，還衍生出「牽水（車蔵）」儀式，是國內少見的水難民俗祭儀。 一年一度的牽水 祭典即將在本周日登場，讓有相同歷史的下崙部落民眾很感慨。 曾擔任萬善廟乩童、今年80歲的王唱說，廟後方這片小型塚，每個幾乎都一模一樣，大約有395座，大型塚也有十多座，但他每次數塚的數目都不太一樣，他數的也跟別人不一樣，實在很奇怪，他相信這不但是雲林沿海特殊景觀，全台灣也少見。 口湖鄉下寮仔文史促進會理事長劉勝順表示，萬善同歸墳墓見證當年海嘯歷史故事，是很重要遺跡
他表示，除了大大小小的墓塚外，還有後代陸續整理的墓碑，其中有一座是咸豐二年建立的，因未維護已損壞，期望縣府、公所能重視、珍惜這處歷史遺跡。 劉勝順說，下寮萬善廟並沒有牽水 的祭典，但每到農曆6月7日，口湖鄉、四湖鄉13個村落的民眾都會準備祭品來拜拜，並請戲團在廟前公演謝神，這也是萬善廟最熱鬧的時刻。
(參考資料：聯合新聞網地方新聞)